Doxygen é um sistema de documentação para C++, C, Java, Objective-C, Python, IDL (Corba e Microsoft sabores), Fortran, VHDL, PHP, c# e a alguma extensão D. Pode gerar um navegador de documentação on-line (em HTML) e/ou um manual de referência do off-line (em $ $mbox {LaTeX}) de um conjunto de arquivos de origem documentada. Também há suporte para gerar saída em RTF (MS-Word), PostScript, PDF hyperlinked, compactados HTML e páginas de manual Unix.